1) Abrir una terminal y andá hasta la carpeta en donde se encuentran los archivos a modificar.
2) ejecutá el siguiente comando:
$ find . -type f -exec sed -i 's/COLOR_ORIGINAL/COLOR_REEMPLAZO/g' {} +
(Los colores deben estar en hexa completo, ver ejemplo)
EJEMPLO:
$ find . -type f -exec sed -i 's/#ff0000/#00ff00/g' {} +
En este ejemplo se reemplaza el color rojo (#ff0000) por el color verde (#00ff00) en todos los archivos que estén en la carpeta.