Sería importante que desde Huayra conectes el disco y veas de forma simple con Gparted que tipo de extensión es, (ext4, ext3, fat32, etc).
Si está formateada en su momento en ext3 windows no la va a reconocer y en ese caso no es por virus.
Otra cosa que te recomiendo es que, una vez conectado el disco a Huayra, te hagás una copia de los archivos que tenés en el disco y luego abrás Gparted y lo formatees como Fat32. De esa manera vas a lograr que si tiene virus (que Linux ignora como archivos) los borres y una vez fornateado vuelvas a copiar los archivos y creo que se soluciona el problema de lectura en W$.