También se puede hacer todo desde la terminal, pero puede ser que sea más complicado (porque escribir comandos no es lo mismo que seleccionar archivos usando una interfaz gráfica).
Aunque no es la forma más fácil de hacerlo, hay que mencionarlo igual:
Podés poner "ls -a" para que muestre todos los archivos y directorios, INCLUYENDO los ocultos.
Con "rm archivo.txt" o "rm -rf carpeta" se pueden borrar. MUCHO CUIDADO con estos comandos, porque si los ponés mal se pueden borrar archivos importantes del sistema, o incluso archivos importantes para vos mismo.