Acá respondiendo varios meses después, :V. Recién lo tuve que hacer de vuelta y no tenía habilitada para cambiar la sincronización por NTP. Hice lo siguiente, abrí la terminal e instalé el paquete ntp (apt-get install ntp) y luego hice eso de synaptic, reinicié y ya me aparecía activado la sincronización por ntp. No me deja desactivarla así que supongo que hay que abrir la aplicación por terminal con permisos de root.